衣原体是一种既不同于细菌也不同于病毒的一种微生物，属于原核生物，即细胞内没有形成核膜的细胞核。衣原体与细菌的主要区别是其缺乏合成生物能量来源的ATP酶，也就是说衣原体自己不能合成生物能量物质ATP，其能量完全依赖被感染的宿主细胞提供。而衣原体与病毒的主要区别在于其具有DNA、RNA两种核酸、核糖体和一个近似细胞壁的膜，并以二分裂方式进行增殖，能被抗生素抑制。 衣原体属于原核类生物。图片说明：Giemsa 染色，油镜（1000倍），见到一大单核细胞，包浆内有球形和椭圆形的包涵体。
衣原体Chlamydia 以鹦鹉热病原体和沙眼病原体为代表的专性寄生性的微生物。最早是由宫川米次等（1935）从腹股沟淋巴肉芽肿患者的染色体中作为宫川小体而发现的，被命名为宫川氏体（Miyagawanella）（E.Brumpt，1938）。其后，相继又出现很多其它名称，例如作为立克次氏体的亲缘种被称为Rickettsia formis、Neor-ickettsia等，也有作为病毒类而称之谓鹦鹅热和腹股沟淋巴肉芽肿病毒（psittacosislymphogranvlo-ma，virus，PLV）、鹦鹅热病毒群（Psittacosisvirus group）等，相当混乱。现在已按伯杰式分类法归为衣原体目（Chlamidiales，L.A.Pagei等，1971）。然而目前尚有许多不明之处。侵染粒子呈直径0.3微米的球形，可用光学显微镜看到；在被细胞壁和细胞膜包裹的细胞质中有核糖体；核酸同时含有DNA和RNA；已证明有葡萄糖代谢活性和蛋白质合成能力；在细胞液胞内增殖，不进入细胞质质内。侵染粒子通过吞噬作用进入细胞波胞内，转化成一般称为网状结构体的粒子。网状结构体通过分裂增殖，在浸染后期成熟为侵染粒子。因此，在增殖周期中，虽没有保持作为粒子的连续性的潜伏期，然而，由于没有证实网状结构体的侵染性，所以从外表看起来，有一个相当于潜伏期的时期。为此，如上所述，直到最近仍作为病毒进行分类。
衣原体有两种存在形态，分别称为原体和始体。原体有感染力，它是一种不能运动的球状细胞。原体逐渐伸长，形成无感染力的个体，称为始体，这是一种薄壁的球状细胞，形体较大。
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